自然通風是被動式節能的主要利用手段之一，在夏季可以通過自然通風有效的排除室內的熱量，在不耗費能源的前提下維持相對舒適的室內環境。蒙古包建筑內部的通風方式為主要的一種古老質樸自然通風的方式，夏季蒙古包根據地形進行選擇，通風向陽為主要的選擇地點，將建筑底部覆蓋的毛氈掀起，形成空氣對流，開啟建筑頂部天窗來進行通風循環以降低包內的溫度以及排除濕氣。冬季建筑選址背風向陽的地段進行搭建，因天氣寒冷，風雪大，冬季只利用建筑頂部天窗進行室內通風。
現蒙古包選擇為固定地點進行搭建，通風方式仍未改變，夏季因通風的方式的選擇，給牧民的日常生活也帶了一定的不安全系數，夏季建筑周圍底部圍氈被開啟，風在包內形成對流，使包內足夠涼爽，但隨之其通風方式的選擇，也為草原上的牧民帶來一定的不安全系數，草原上飛禽走獸通過包內底部被開啟的空間易進入包內；雨季到來，建筑周圍圍氈將不被經常開啟，這種通風方式所起到的通風作用大大被降低，包內反而因建筑底部圍氈與地面之前存有的空隙，導致包內地面因受雨而引起的潮濕，夜晚也易使冷空氣進入包內：冬季又因草原氣候條件的干預，天窗開啟頻率較低，以及包外周圍圍氈的閉合，使包內空氣流通較差，當室內空氣流動性較低時，室內環境中的空氣空氣質量指數較低，得不到有效的通風換氣，各種有害化學物質不能及時排到室外，造成室內空氣質量惡化。而且，由于室內氣流小，人們在室內生活中所排出的各種微生物相對聚集于空氣中或在某些角落大量增生，致使室內空氣質量進一步惡化。
